La bahía Magallanes es un accidente litoral ubicado dentro de la ría Deseado, en el Departamento Deseado, en la Provincia de Santa Cruz. Corresponde a una de las tres divisiones internas que tiene la ría Deseado, estando en el extremo este y siendo la ubicada más cerca del Mar Argentino y por lo tanto, la más alejada a la desembocadura del Río Deseado. Al oeste se halla la bahía Uruguay en la parte central, mientras que en el extremo oeste la bahía Concordia.